Für die Filterung bieten sich verschiedene Lösungen an. Eine Filterung über luftbetriebene Hamburger Mattenfilter oder Schwammfilter ist optimal, da so die Sauerstoffversorgung des Aquariums stets gewährleistet ist und die eingesetzten Filterschwämme für kristallklares Wasser sorgen. Diese Filter sind wartungsarm. Es reicht, die den Filterschwamm alle paar Monate auszudrücken. Am besten geschieht dies anlässlich des Wasserwechsels im abgesaugten Altwasser.
Auch Aussen-/Topffilter sind für Garnelenaquarien gut geeignet. Sie können in Verbindung mit einem Bodenfilter, „stand alone“ oder auch in Kombination mit Schwammfiltern betrieben werden. Wichtig ist, das Ansaugrohr garnelensicher zu machen. Vorsicht: die handelsüblichen Schutzkörbchen saugen Jungtiere ein. Mit einem Stück Filterschwamm, der anstelle des Schutzkörbchens über das Ansaugrohr gestülpt wird kann vermieden werden, dass Garnelen ins Innere des Filters gelangen und im schlimmsten Fall durch den Motor / Rotor getötet werden.
Unter Mattenfilter versteht man eine eingebaute Filtermatte, die für die biologische Filterung zuständig ist. Das Wasser wird mittels Luftheber oder elektrischer Pumpe durch die Matte befördert, so dass das Wasser den Weg zurück durch die Matte nehmen muss. Darin angesiedelte Bakterien eledigen die Filterarbeit.
Eine praktische Einbauart stellt der Eckmattenfilter dar. Die Filtermatte wird gebogen in eine Ecke eingeklebt. Eckprofile verhindern ein verrucken der Matte. Die einfachste Art ist wenn die Filtermatte auf eine Wandgrösse zugeschnitten wird und einfach eingklemmt wird. Je grösser die Oberfläche desto stärker sollte die Pumpleistung sein, um eine genügend grosse Anströmgeschwindigkeit zu erhalten.
Im Garnelenaquarium ist der Luftheber die optimalste Lösung. Sollten junge Garnelen eingesaugt werden, können sie keinen Schaden erleiden. Bei elektrischen Pumpen ist eine feine Filtermatte zu verwenden oder ein Strumpf um die Wasseransaugung anzubringen. Für den Luftheber kann auch die grobe oder mittlere Filtermatte verwendet werden. Die Standzeit ist bedeutend länger. Junge Garnelen gehen gern in die Matte und finden dort Mulm und Futterreste.
Beim Bodenfilter wird die ganze Fläche des Bodengrundes als Filterfläche genutzt. Das Wasser wird über das Steigrohr nach oben gebracht. Unterhalb des Bodengrundes werden die Gitter des Bodenfilters installiert, darüber wird der aktive Bodengrund/Soil eingebracht. Der Soil senkt zudem den pH-Wert und emfpielt sich Bienengarnelen. In unserem Beispiel verwenden wir den Red Bee Sand von Shirakura.